組合の意思決定や業務の執行を行うための組織は、総会、理事会、役員等の機関が定められているほか、必要によって委員会などの任意機関を設けることもできます。一般的な組織は次のようなものです。

総会は、組合運営等に関する基本的事項を決定し、その総会の決定に基づき、理事会が業務の執行を決定します。そして、理事会の決定に基づいて代表理事が事務局を使って業務を執行します。また、監事は、決算書類などについて会計監査をします。

なお、任意機関である委員会・部会は、理事会等の諮問機関として理事会等が業務方針等を決定する際の参考意見を提供します。また、同様に任意機関である専務理事・常務理事は、代表理事の業務執行の補佐をします。